L'agata si forma in ambiente idrotermale, in rocce vulcaniche povere di acido silicico.

Nelle cavità, che nel corso del suo raffreddamento si formano nella lava a causa della presenza di bolle d'aria, si raccolgono soluzioni calde di tale acido, che raffreddandosi formano piccoli cristalli.

In natura può essere grigia, azzurra, rossa, blu e verde.

In commercio se ne trovano dei più svariati colori, perché colorate artificialmente.