L'agata si forma in ambiente idrotermale, in rocce vulcaniche povere di acido silicico.

Nelle cavità, che nel corso del suo raffreddamento si formano nella lava a causa della presenza di bolle d'aria, si raccolgono soluzioni calde di tale acido, che raffreddandosi formano piccoli cristalli.

In natura può essere grigia, azzurra, rossa, blu, verde.

In commercio se ne trovano dei più svariati colori, perché colorate artificialmente.

Le diverse tonalità di marrone sono la principale peculiarità di questo cristallo, ed è proprio questo colore caldo a renderla una pietra particolarmente adatta per impreziosire camera e salotto.