L'agata si forma in ambiente idrotermale, in rocce vulcaniche povere di acido silicico.

Nelle cavità, che nel corso del suo raffreddamento si formano nella lava a causa della presenza di bolle d'aria, si raccolgono soluzioni calde di tale acido, che raffreddandosi formano piccoli cristalli.

In natura può essere grigia, azzurra, rossa, blu, verde.

In commercio se ne trovano dei più svariati colori, perché tinte artificialmente.